Berakhirnya Pemberontakan PRRI/PERMESTA memberikan dampak yang sangat besar terhadap hubungan dan politik luar negeri Indonesia.Dengan adanya suatu ukungan dari negara Amerika Serikat dalam terjadi pemberontakan itu jadi membuat hubungan antara Indonesia dengan Amerika jadi gak harmonis.Begitu juga, adanya dukungan dari Amerika Serikat terhadap PRRI/PERMESTA terbukti benar dengan jatuhnya pesawat pengebom B-26 yang dikemudikan oleh seorang pilot bernama Allen Pope pada tanggal 18 Mei 1958 di lokasi yang gak jauh dari kota Ambon.Dalam persoalan itu, jadi Presiden RI Ir.Soekarno beserta para pemimpin sipil dan militernya punya perasaan curiga terhadap negara Amerika Serikat dan Negara lainnya.Malaysia yang baru merdeka pada tahun 1957, ternyata juga mendukung gerakan PRRI dengan menjadikan wilayahnya sebagai saluran utama pemasok senjata buat pasukan PRRI.Hal tersebut terjadi berlaku juga atas Filipina, Singapura, Korea Selatan (Korsel), dan Taiwan juga mendukung gerakan pemberontakan yang dilakukan oleh PRRI.
Dengan adanya pemberontakan ini, mengakibatkan pemerintah pusat pada akhirnya membentuk sebuah pasukan buat menumpas pemberontakan yang dilakukan oleh PRRI.
Jadi, hal ini mengakibatkan pertumpahan darah dan jatuhnya korban jiwa baik dari TNI maupun PRRI.
Selain itu, pembangunan jadi terbengakalai dan juga menimbulkan rasa trauma di masyarakat Sumatera terutama daerah Padang.