Kekecewaan para bekas prajurit KNIL. Tidak setuju atas pembubaran NIT (Negara Indonesia Timur) dan kembalinya Indonesia menjadi negara kesatuanKeinginan beberapa tokoh seperti Soumokil yang ingin mendirikan negara sendiriPemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS) terjadi pada 25 April 1959, dipimpin oleh Chris Soumokil, mantan Jaksa Agung Negara Indonesia Timur.
Pemberontakan ini berpusat di kota Ambon, dan pulau sekitarnya seperti pulau Seram.Salah satu penyebab meletusnya pemberontakan RMS adalah banyak bekas prajurit KNIL (Tentara Kolonial Hindia Belanda) asal Maluku yang kecewa karena pengakuan kemerdekaan Belanda kepada Indonesia. Mereka juga menolak bergabung dengan APRIS (Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat).Hal ini ditambah dengan kekecewaan Chris Soumokil, akibat bubarnya Negara Indonesia Timur (NIT).Soumokil dan para bekas prajurit KNIL ini membuat mereka menekan Kepala Daerah Maluku Selatan, Johannes Manuhutu, untuk mendeklarasikan kemerdekaan Maluku Selatan. Pada 25 April 1950, Manuhutu dibawah tekanan Chris Soumokil dan prajurit KNIL mendeklarasikan Republik Maluku Selatan.
Pemerintah Indonesia bertindak tegas dengan mengirim pasukan APRIS dibawah pimpinanl Slamet Riyadi dan Alex Kawilarang. Pada tahun 1950, Ambon dan Namlea berhasil direbut. Pada tahun 1963, Chris Soumokil berhasil di tangkap. RMS berhasil digagalkan dan para pendukungnya yang tersisa melarikan diri ke Belanda.