Tindakan atau upaya yang dilakukan oleh pemerintah yang pertama dilakukan adalah dengan upaya damai. Pada tanggal 27 April 1950, pemerintah mengirimkan Dr. J. Leimena dan rombongan ke Ambon untuk menyampaikan permintaan berdamai kepada RMS. Tidak hanya untuk berdamai saja, tetapi juga untuk membujuk RMS untuk tetap bergabung dengan NKRI.
Sayangnya langkah damai yang diambil pemerintah di tolak oleh Soumokil dengan mengirimkan surat berisi penolakan untuk damai dan berunding. Ditambah lagi, Soumokil justru meminta bantuan dan juga pengakuan dari negara lain seperti Belanda, Amerika Serikat, hingga juga komisi PBB untuk Indonesia.
Blokade Laut
Ketika upaya damai dan berunding ditolak mentah-mentah oleh Soumokil, pemerintah Indonesia kemudian merencanakan untuk melakukan blokade laut. Upaya ini bertujuan untuk memaksa pihak RMS agar bersedia untuk berunding.
Blokade laut sendiri dilakukan pada 18 Mei hingga 14 Juli 1950 dengan melakukan pengawasan di semua perairan Maluku dan juga penghancuran terhadap kapal-kapal pemberontak. Sayangnya upaya kedua ini juga belum berhasil memaksa Soumokil untuk bersedia berunding dengan pemerintah Indonesia. Oleh sebab itulah direncanakan untuk melakukan upaya atau langkah yang ketiga, yaitu ekspedisi atau operasi militer.
Ekspedisi atau Operasi Militer
Ketika kedua upaya sebelumnya masih tidak berhasil dan bahkan ditolak mentah-metah oleh Soumokil, pemerintah kemudian memutuskan untuk melakukan ekspedisi militer dibawah kepemimpinan Kolonel Kawilarang seorang panglima Indonesia Timur.
Operasi militer tersebut dikenal sebagai Gerakan Operasi Militer IV atau GOM IV untuk memberantas pemberontakan RMS. Operasi militer ini berhasil menguasai Ambon pada awal November 1950, tetapi konflik di Seram masih tetap berlanjut hingga Desember 1963. Hingga kemudian pemimpin RMS, Soumokil, berhasil di tangkap pada 12 Desember 1963 dan dihadapkan pada Mahkamah Luar Biasa di Jakarta.
Dimana kemudian menghasilkan keputusan bahwa Soumokil dijatuhi hukuman mati.Itulah beberapa upaya yang dilakukan oleh pemerintah untuk menghentikan RMS dan bergabung kembali di NKRI.
Setelah jatuhnya Ambon dan juga ditangkapnya Soumokil, menyebabkan adanya pengungsian pemerintah RMS ke Seram, dan pada tahun 1966 mendirikan pemerintahan dalam pengasingan di Belanda. Bahkan pemerintahan terasing ini juga masih berdiri dan dipimpin oleh John Wattilete yang dilantik pada April 2010. Pada akhirnya pemerintah Indonesia berhasil menghentikan RMS.
Tidak hanya berhenti di ketiga upaya tersebut saja, namun pemerintahan RI dibawah kepemimpinan Soekarno-Hatta juga mengultimatum semua aktivis RMS yang memproklamirkan berdirinya Republik Maluku Selatan atau RMS untuk segera menyerahkan diri kepada pemerintah RI. Sehingga semua aktivis tersebut berhasil ditangkap oleh pasukan militer yang dikirimkan pemerintah Indonesia dari pulau Jawa.